La Contraloría General de la República declaró improcedente el cobro retroactivo de $20.895 millones aplicado a empresas pesqueras industriales por concepto del impuesto específico establecido en la Ley General de Pesca, medida que había sido determinada en 2023 por el Ministerio de Economía cuando la cartera era encabezada por Nicolás Grau.
El dictamen, emitido el 17 de febrero de 2026, se originó tras una denuncia de ilegalidad presentada en septiembre de 2024 por diversas compañías del rubro pesquero. El organismo fiscalizador ordenó que la autoridad sectorial adopte medidas inmediatas para corregir la situación administrativa y tributaria generada por esta resolución.
IMPUESTO MODIFICADO DE FORMA RETROACTIVA
De acuerdo con el pronunciamiento de Contraloría, el Ministerio de Economía, a través de la Subsecretaría de Pesca, fijó inicialmente el valor del impuesto específico correspondiente al año 2023 mediante la resolución exenta N°4, dictada en enero de ese año.
Sin embargo, en diciembre se emitió una nueva resolución (N°9) que modificó el monto previamente informado, aplicando un reajuste vinculado al denominado factor “F”, asociado a indicadores de la Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación.
El problema detectado no fue el cambio en sí mismo, sino que se alteraron los criterios de cálculo con efecto retroactivo, afectando a empresas que ya habían cumplido con sus obligaciones tributarias conforme a la normativa vigente al momento del pago.
Entre las firmas reclamantes se encuentran Inversiones Delta SpA, Novamar SpA, Operaciones Braga SpA, Pesquera Litoral SpA y Sipesur SpA.
CONTRALORÍA EXIGE REGULARIZACIÓN
El órgano contralor recordó que la legislación tributaria establece el principio de irretroactividad cuando los contribuyentes han actuado de buena fe, ajustándose a una interpretación oficial previa. En este caso, las empresas pagaron el impuesto según la resolución inicial emitida por el ministerio.
Por ello, Contraloría sostuvo que la autoridad económica excedió sus atribuciones al extender la facultad de actualización del impuesto, vulnerando el carácter excepcional de dicha potestad y afectando derechos de los contribuyentes.
Asimismo, se indicó que la Tesorería General de la República deberá compensar a las empresas por los montos que correspondan, producto del cobro improcedente.
Cabe recordar que tras la presentación del reclamo en septiembre de 2024, el propio ministerio suspendió en octubre de ese año los efectos de la resolución cuestionada, a la espera del pronunciamiento definitivo de Contraloría.
Hasta ahora, la Subsecretaría de Pesca no ha entregado una respuesta pública sobre las acciones que adoptará para cumplir con lo ordenado por el ente fiscalizador. El dictamen deja en evidencia la necesidad de ajustar los procedimientos administrativos y garantizar certeza jurídica en la aplicación de impuestos al sector pesquero.
