La llamada Guerra del Pacífico que involucró a Chile, Perú y Bolivia, sigue presente en la memoria colectiva de los países implicados en este hechos, cuyas consecuencias aún oscurecen las relaciones vecinales.
El 14 de febrero de 1879, el coronel Emilio Sotomayor, con una tropa de doscientos hombres, ocupó Antofagasta. Bolivia declaró la guerra a Chile el día 1 de marzo de 1879. Mientras Perú, que había tratado de aparecer como mediador en el conflicto chileno-boliviano, interviene haciendo pública la existencia del Tratado secreto de 1873.
Chile declaró la guerra a los aliados Perú y Bolivia el 5 de abril de 1879. Argentina se mantuvo al margen del conflicto, pero aprovechó la ocasión para iniciar una agresiva campaña de expansión territorial hacia la Patagonia.
La Guerra del Pacífico tuvo seis fases: campaña marítima, campaña de Tarapacá, campaña de Tacna y Arica, campaña de Lima, campaña de la Sierra y campaña de Arequipa. El fin de esta contienda termina con Perú el 22 de octubre de 1883, con la firma del tratado de Ancón, pero en la práctica el conflicto finalizó en 1884, con la retirada de las últimas tropas que ocupaban Lima y la firma del Pacto de Tregua con Bolivia el 4 de abril de ese mismo año.